На этой стадии управления аварией по решению Правительственной комиссии были начаты работы по содержанию предполагаемых расплавов активной зоны на нижней защитной плите реактора, а также по созданию дополнительного охлаждаемого горизонта (специального теплообменника) под фундаментной плитой реактора для гарантированного исключения попадания радиоактивных продуктов и расплавленного топлива в почву и грунтовые воды. Сооружение плиты началось 3 июня и закончилось 28 июня 1986 г. Однако развитие процесса аварии не привело к предполагаемому проплавлению фундаментной плиты, и этот специальный теплообменник не был включен в работу. Для более детальной оценки состояния аварийного реактора и обеспечения доступа были расчищены проходы к поврежденному энергоблоку, убраны выброшенные взрывом обломки топливных сборок, куски графитовой кладки и элементы конструкций. Одновременно было начато сооружение экранирующей защитной стены между 3-м и 4-м энергоблоками.

Когда исчезла опасность последующего развития аварийных процессов в поврежденном реакторе, усилия правительственной комиссии были направлены на организацию аварийно-восстановительных и дезактивационных работ, водозащитные и противофильтрационные мероприятия, а также на изоляцию и захоронение реакторной установки вместе с разрушенными конструкциями зданий и сооружений ЧАЭС.

В конце мая 1986 г. по представлению правительственной комиссии были приняты два постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР, которыми предусматривалось осуществление мероприятий по дезактивации промплощадки, зданий и сооружений Чернобыльской АЭС, а также по возобновлению эксплуатации энергоблоков № 1 и 2, в том числе:
- дезактивация промплощадки, города Припяти и дорог;
- обустройство пунктов дезактивации и специальной обработки (ПуСО);
- строительство временных могильников низкоактивных отходов;
- возведение новой стройбазы;
- сооружение жилищного поселка;
- строительство водогона и газопровода к поселку;
- строительство базы отдела рабочего снабжения;
- обустройство берегового дренажа вдоль реки Припяти;
- обустройство вертикального скважинного дренажа вдоль пруда-охладителя;
- строительство сооружений для очищения дренажных и канализационных вод;
- консервация главного корпуса;
- консервация завала;
- закрытие реакторного отделения блока № 4;
- пуск двух бетонных заводов;
- бетонирование территории и площадок;
- бетонирование каскадных стен;
- монтаж и бетонирование защитной стены по оси 51;
- достройка кровли;
- достройка системы вентиляции и очищения газов внутреннего объема;
- бетонирование защитных стен;
- закрытие машзала;
- возведение разделительной стены между 3-м и 4-м блоками;
- отделение зданий I очереди от зданий II очереди;
- подготовка энергоблоков к зиме 1986— 1987 гг.;
- подготовка энергоблоков № 1 и № 2 к пуску.

Авария привела к крупномасштабному радиоактивному загрязнению местности, зданий, сооружений, дорог не только в районе расположения атомной станции, но и далеко за его пределами. Радиоактивное загрязнение представляло собой серьезную опасность для населения, а также для лиц, вовлеченных в ликвидацию последствий аварии, негативно влияло на экологическое состояние территорий. Во избежание переоблучения людей и перенесения радиоактивных веществ за пределы 30-километровой зоны уже с первых дней после аварии были организованы дезактивационные работы на ЧАЭС и прилегающей территории, а именно:
- дезактивация территории, зданий, сооружений АЭС, населенных пунктов, транспорта и другой техники;
- сбор, удаление, максимальное обезвреживание и захоронение радиоактивных отходов;
- санитарная обработка людей, дезактивация одежды и средств индивидуальной защиты, дезактивация дорог и пылеподавление.

Планомерная дезактивация территории, зданий и сооружений АЭС и г. Припяти началась 6 мая 1986г. силами частей и подразделений химических, инженерных войск, гражданской обороны, а также Минэнерго СССР. Первоочередным заданием была очистка территории вблизи разрушенного блока от высокоактивных частей активной зоны, выброшенных из реактора, их сбор, транспортировка и захоронение. Работы по очистке территории проводились круглосуточно сменными экипажами общей численностью до 6000 человек, почти 2000 из которых до сентября 1986 г. были заменены в связи с получением предельно допустимой дозы облучения (25 бэр). Уже до 10 мая 1986 г. на территории промплощадки, благодаря удалению наиболее активных фрагментов, уровень мощности экспозиционной дозы гамма-излучения удалось снизить в 10—20 раз и подготовить более широкий фронт работ.

Верхний слой почвы на промплощадке и в промзоне насыпан в 1986—1987 гг. в процессе выполнения дезактивационных работ. При этом с целью снижения уровня радиоактивного загрязнения был осуществлен сбор фрагментов ядерного топлива — снятие слоя почвы, засыпка территории щебнем и ее бетонирование. Засыпка щебнем и бетонирование выполнены практически на всей северной части территории, примыкающей к зданию 4-го и 3-го энергоблоков, а также вдоль западной части и южной стороны машзала. Толщина покрытия составляла 0,5 м, а в отдельных местах — 8 м. Территория, вплотную прилегающая к 4-му энергоблоку, была засыпана щебнем, песком, сухой бетонной смесью, также были выставлены объемные опалубные блоки. До 15 июня 1986 г. на основных коммуникациях ЧАЭС величины мощности экспозиционной дозы были снижены до 10 Р/час, что позволило обеспечить дополнительный фронт работ и развернуть их на 1-ом и 2-ом энергоблоках. По состоянию на 10 августа 1986 г. дезактивировано 862000 м² внутренних помещений главного корпуса АЭС, обработано свыше 500000 м2 других зданий на промплощадке, вывезено 25000 м³ почвы, накрыто железобетонными плитами 187000 м² территории.