На цій стадії управління ліквідацєюї аварії за рішенням Урядової комісії були розпочаті роботи з утримання передбачуваних розплавів активної зони на нижній захисній плиті реактора, а також із створення додаткового охолоджуваного горизонту (спеціального теплообмінника) під фундаментною плитою реактора для гарантованого виключення попадання радіоактивних продуктів і розплавленого палива в грунт і грунтові води. Спорудження плити розпочалося 3 червня і закінчилося 28 червня 1986 р. Однак розвиток процесу аварії не привів до очікуваного проплавлення фундаментної плити, і цей спеціальний теплообмінник не був включений в роботу.

Для більш детальної оцінки стану аварійного реактора і забезпечення доступу були розчищені проходи до пошкодженого енергоблока, прибрані викинуті вибухом уламки паливних збірок, шматки графітової кладки і елементи конструкцій. Одночасно було почато спорудження екрануючої захисної стіни між 3-м і 4-м енергоблоками.

Коли зникла небезпека подальшого розвитку аварійних процесів в пошкодженому реакторі, зусилля урядової комісії були спрямовані на організацію аварійно-відновлювальних і дезактиваційних робіт, водозахисні і протифільтраційні заходи, а також на ізоляцію і захоронення реакторної установки разом із зруйнованими конструкціями будівель і споруджень ЧАЕС.

У кінці травня 1986 р. за поданням урядової комісії були прийняті дві постанови ЦК КПРС і Ради Міністрів СРСР, якими передбачалося здійснення заходів по дезактивації проммайданчика, будівель і споруджень Чорнобильської АЕС, а також по відновленню експлуатації енергоблоків № 1 і 2, в тому числі:
- дезактивація проммайданчика, міста Прип'яті і доріг;
- облаштування пунктів дезактивації і спеціальної обробки (ПуСО);
- будівництво тимчасових могильників малоактивних відходів;
- зведення нової будбази;
- спорудження житлового селища;
- будівництво водогону і газопроводу до селища;
- зведення бази відділу робітничого постачання;
- облаштування берегового дренажу вздовж ріки Прип'яті;
- облаштування вертикального свердловинного дренажу вздовж ставка-охолоджувача;
- будівництво споруд для очищения дренажних і каналізаційних вод;
- консервація головного корпусу;
- консервація завалу;
- закриття реакторного відділення блока № 4;
- пуск двох бетонних заводів;
- бетонування території і майданчиків;
- бетонування каскадних стін;
- монтаж і бетонування захисної стіни по осі 51;
- добудування покрівлі;
- добудування системи вентиляції і очищения газів внутрішнього об'єму;
- бетонування захисних стін;
- закриття машзалу;
- зведення розділової стінки між 3-м і 4-м блоками;
- відокремлення будівель I черги від будівель II черги;
- підготовка енергоблоків до зими 1986— 1987 рр.;
- підготовка енергоблоків № 1 і № 2 до пуску.

Аварія спричинила великомасштабне радіоактивне забруднення місцевості, будівель, споруд, доріг не тільки в районі розташування атомної станції, але і далеко за його межами. Радіоактивне забруднення являло собою серйозну небезпеку для населення, а також для осіб, залучених до ліквідації наслідків аварії, негативно впливало на екологічний стан територій. Для уникнення переопромінення людей і перенесення радіоактивних речовин за межі 30-кілометрової зони вже з перших днів після аварії були організовані дезактиваційні роботи на ЧАЕС і прилеглій території, а саме:
- дезактивація території, будівель, споруд АЕС, населених пунктів, транспорту та іншої техніки;
- збір, видалення, максимальне знешкодження і поховання радіоактивних відходів;
- санітарна обробка людей, дезактивація одягу і засобів індивідуального захисту, дезактивація доріг і пилопоглинання.

Планомірна дезактивація території, будівель і споруд АЕС та м. Прип'яті почалася 6 травня 1986 р. силами частин і підрозділів хімічних, інженерних військ, цивільної оборони, а також Міненерго СРСР. Першочерговим завданням було очищення території поблизу зруйнованого блока від високоактивних частин активної зони, викинутих з реактора, їх збирання, транспортування і поховання. Роботи з очищения території проводилися цілодобово змінними екіпажами загальною чисельністю до 6000 чоловік, з яких майже 2000 до вересня 1986 р. було замінено в зв'язку з отриманням гранично допустимої дози опромінення (25 бер). Уже до 10 травня 1986 р. на території проммайданчика, завдяки видаленню найбільш активних фрагментів, рівні потужності експозиційної дози гамма-випромінювання вдалося знизити в 10—20 разів і підготувати більш широкий фронт робіт.

Верхній шар грунту на проммайданчику і в промзоні насипано в 1986—1987 рр. в процесі виконання дезактиваційних робіт. При цьому з метою зниження рівня радіоактивного забруднення було здійснено збір фрагментів ядерного палива — зняття шару грунту, засипання території щебенем і її бетонування. Засипання щебенем і бетонування виконані практично на всій північній частині території, що примикає до будівлі 4-го і 3-го енергоблоків, а також уздовж західної частини і південного боку машзалу. Товщина покриття становила 0,5 м, а в окремих місцях — 8 м. Територія, впритул прилегла до 4-го енергоблока, була засипана щебенем, піском, сухою бетонною сумішшю, також були виставлені об'ємні опалубочні блоки. До 15 червня 1986 р. на основних комунікаціях ЧАЕС величини потужності експозиційної дози були знижені до 10 Р/год., що дозволило забезпечити додатковий фронт робіт і розгорнути їх на 1-му і 2-му енергоблоках. За станом на 10 серпня 1986 р. дезактивовано 862000 м² внутрішніх приміщень головного корпусу АЕС, оброблено понад 500000 м² інших будівель на проммайданчику, вивезено 25000 м³ грунту, покрито залізобетонними плитами 187000 м² території.