3 переходом Чорнобильської АЕС на безвахтовий метод роботи перший етап ліквідації наслідків аварії був завершений. Основними цілями виконання робіт другого етапу були:
- запобігання поширенню радіонуклідів із зони радіоактивного забруднення;перепоховання твердих РАВ;
- створення в ураженому регіоні умов для безпечної життєдіяльності населення;
- підготовка зони відчуження і відселених територій зони жорсткого контролю до повернення в народне господарство;
- підготовка до виведення Чорнобильської АЕС з експлуатації.

Складність виконання робіт другого етапу ліквідації наслідків аварії полягала в практичній відсутності досить економічних і екологічно чистих технологій та технічних засобів для дезакти­вації великих територій, обладнання, а також металу, деревини й інших матеріалів. За таких умов були потрібні зміна підходу до методів дезактивації, створення нових, мобільних технічних засо­бів для дезактивації лісових масивів, сільськогосподарських угідь, водоймищ, транспортних магістралей і населених пунктів, створення підприємств з переробки радіоактивних відходів з ме­тою їх надійного поховання. На нараді в м. Чорнобилі 8—10 серпня 1989 року заступник голови Ради Міністрів СРСР В. Догужиєв доручив Мінатоменергопрому СРСР розглянути питання про вдосконалення організаційної структури управління роботами в зоні Чорнобильської АЕС.

Мінатоменергопром СРСР після розгляду цього питання ухвалив таке рішення (наказ від 19.12.89 р. № 328):
Виділити із складу ВО "Комбінат" Чорнобильську АЕС у самостійне підприємство з виконанням функцій замовника будівництва та експлуатації міста Славутича і підсобного господарства.
Ліквідувати з 01.01.90 р. підприємство ВО "Комбінат".
За погодженням з Радою Міністрів УРСР створити в м. Чорнобилі на базі ВО "Комбінат" науково-виробниче об'єднання "Прип'ять".

Основні завдання організації наукових досліджень, пов'язаних з ліквідацією наслідків аварії на Чорнобильській АЕС, були сформульовані постановою Ради Міністрів СРСР від 01.11.86 р. Нею передбачалось розгортання в 1986—1990 рр. досліджень за комплексною програмою, що включала шість пріоритетних наукових напрямів:
- вплив радіоактивного забруднення на об'єкти флори і фауни (екологія) — дослідження АН СРСР, Інституту еволюційної морфології і екології тварин ім. А. Северцова АН СРСР (науковий керівник — академік В. Соколов);
- контроль за рівнем радіоактивного забруднення об'єктів довкілля і вивчення процесів пе­ренесення продуктів поділу і трансуранових елементів (контроль і прогноз радіоактивних забруднень) — дослідження Держкомгідромету СРСР, Інституту прикладної геофізики ім. Е. Фе­дорова Держкомгідромету СРСР (науковий керівник — член-кореспондент АН СРСР Ю. Ізраель);
- вивчення біологічних факторів і віддалених наслідків радіаційного впливу на населення та розробка заходів щодо зменшення негативного впливу радіації (радіаційна медицина) — дослідження Міністерства охорони здоров'я СРСР, Всесоюзного наукового центру радіаційної медицини АМН СРСР (науковий керівник — академік АМН СРСР Л. Ільїн);
- дослідження впливу радіоактивних забруднень на сільськогосподарську продукцію, розроб­ка заходів щодо зменшення цього впливу і утилізації забруднених радіонуклідами харчових про­дуктів (сільськогосподарська радіологія) — дослідження Держагропрому СРСР, Всесоюзного НДІ сільськогосподарської радіології Держагропрому СРСР (науковий керівник — професор Н. Корнєєв);
- розробка методик і засобів дезактивації об'єктів навколишнього середовища, господарських і побутових будівель і споруд, обладнання і транспортних засобів (дезактивація) — дослідження Мінсередмашу СРСР, Всесоюзного НДІ неорганічних матеріалів Мінсередмашу СРСР (науковий керів­ник — член-кореспондент АН СРСР А. Нікіфоров);
- розробка технологій, систем і обладнання, включаючи дистанційно керовані пристрої і техніку, необхідну для гарантування безпечних умов проведення робіт з ліквідації аварії (техніка і технологія) — дослідження АН СРСР, Інституту машинознавства ім. А. Благонравова АН СРСР (науко­вий керівник — академік К. Фролов).

Для здійснення загального керівництва і координації цих досліджень, включаючи підготовку са­мої комплексної програми наукових досліджень, контролю за ходом виконання робіт науково-дослідними установами різних міністерств і відомств, узагальнення результатів досліджень, що проводи­лись, і підготовки рекомендацій для їх практичної реалізації при президії АН СРСР була створена міжвідомча координаційна рада з наукових проблем, пов'язаних з ліквідацією наслідків аварії на Чорнобильській АЕС.

До її складу ввійшли: А. Александров — академік, директор Інституту атомної енергії ім. I. Кур­чатова (голова); В. Лєгасов — академік, перший заступник директора ІАЕ ім. I. Курчатова (перший заступник голови) та інші видатні науковці. 3 часом склад ради змінювався, наприкінці 1989 р. го­ловою став академік С. Бєляєв. Для інформаційного забезпечення діяльності ради було передбачено створення в ІАЕ відповідного банку даних.