С переходом Чернобыльской АЭС на безвахтовый метод работы первый этап ЛПА был завершен.
Основными целями выполнения работ ІІ-го этапа ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС было:
- предотвращение распространения радионуклидов из зоны радиоактивного загрязнения;
перезахоронение твердых РАО;
- создание в пораженном регионе условий для безопасной в радиационном отношении жизнедеятельности населения;
- подготовка зоны отчуждения и отселенных территорий зоны жесткого контроля к возврату в народное хозяйство;
- подготовка к выводу Чернобыльской АЭС из эксплуатации.
Сложностью выполнения ІІ-го этапа ЛПА являлось практическое отсутствие достаточно экономичных и экологически чистых технологий и технических средств по дезактивации больших территорий, оборудования, а также металла, древесины и других материалов. В этих условиях требовалось изменение подхода к методам дезактивации, создание новых, мобильных технических средств для дезактивации лесных массивов, сельскохозяйственных угодий, водоемов, транспортных магистралей и населенных пунктов, создание производств по переработке радиоактивных отходов с целью их надежного захоронения. На совещании в г.Чернобыле 8-10 августа 1989 года Заместитель Председателя Совета Министров СССР До-гужиев В.X. поручил Минатомэнергопрому СССР рассмотреть вопрос о совершенствовании организационной структуры управления работами в зоне Чернобыльской АЭС.
Минатомэнергопром СССР после рассмотрения принял следующее решение:
- выделить из состава ПО "Комбинат" Чернобыльскую АЭС в самостоятельное предприятие с выполнением функций заказчика по строительству и эксплуатации города Славутича и подсобного хозяйства.
- ликвидировать с 01.01.90 г. деятельность ПО "Комбинат".
- по согласованию с Советом Министров УССР создать в г.Чернобыле Киевской области на базе ПО "Комбинат" научно-производственное объединение (НПО) "Припять".
Основные задачи и формы организации научных исследований, связанных с ликвидацией последствий аварии на ЧАЭС, были сформулированы постановлением Совета Министров СССР от 01.11.86 г. Этим постановлением было предусмотрено развертывание в 1986-1990 гг. исследований по Комплексной программе, включающей шесть приоритетных научных направлений с определением головных ведомств и научно-исследовательских организаций, ответственных за выполнение и развитие этих направлений:
- влияние радиоактивного загрязнения на объекты флоры и фауны (экология) - АН СССР, Институт эволюционной морфологии и экологии животных им. А.Н.Северцова АН СССР (научный руководитель-академик В.Е.Соколов);
- контроль за уровнем радиоактивного загрязнения объектов окружающей среды и изучение процессов переноса продуктов деления и трансурановых элементов (контроль и прогноз радиоактивных загрязнений) - Госкомгидромет СССР, институт прикладной геофизики им.Е.К.Федорова Госкомгидромета СССР (научный руководитель - член-корреспондент АН СССР Ю.А.Израэль);
- изучение биологических факторов и отдаленных последствий радиационного воздействия на население и разработка мер по сокращению отрицательного влияния этого воздействия (радиационная медицина) - Минздрав СССР, Всесоюзный научный центр радиационной медицины АМН СССР (научный руководитель - академик АМН СССР Л.А.Ильин);
- исследование влияния радиоактивных загрязнений на сельскохозяйственную продукцию, разработка мер по сокращению этого влияния и утилизации загрязненных радионуклидами пищевых продуктов (сельско-хозяйственная радиология) Госагропром СССР, Всесоюзный НИИ сельскохозяйственной радиологии Госагропрома СССР (научный руководитель - проф. НА.Корнеев);
- разработка методик и средств дезактивации объектов окружающей среды, хозяйственных и бытовых зданий и сооружений, оборудования и транспортных средств (дезактивация) -Минсредмаш СССР, Всесоюзный НИИ неорганических материалов Минсредмаша СССР (научный руководитель - член-корреспондент АН СССР А.С.Никифоров);
- разработка технологий, систем и оборудования, включая дистанционно управляемые устройства и технику, необходимые для обеспечения безопасных условий проведения работ по ликвидации аварии (техника и технология) - АН СССР, Институт машиноведения им.АА.Благонравова АН СССР (научный руководитель - академик К.В.Фролов).
Для осуществления общего руководства и координации этих исследований, включая подготовку самой Комплексной программы научных исследований, контроля за ходом выполнения работ научно-исследовательскими учреждениями различных министерств и ведомств, обобщения результатов проводимых исследований и подготовки рекомендаций для их практической реализации при Президиуме АН СССР был создан межведомственный Координационный совет по научным проблемам, связанным с ликвидацией последствий аварии на ЧАЭС.
В его состав вошли: Александров А.П. -академик, директор Института атомной энергии (ИАЭ) им. И.В.Курчатова Минсредмаша СССР (председатель); Легасов В.А. - академик, первый заместитель директора ИАЭ им. И.В.Курчатова (первый зам.председателя) и другие видные деятели науки и техники. С течением времени персональный состав Совета менялся, в конце 1989 г. его председателем стал академик С.Т.Беляев. Для информационного обеспечения деятельности Координационного совета было предусмотрено создание в ИАЭ соответствующего банка данных.