3 переходом Чорнобильської АЕС на безвахтовий метод роботи перший етап ліквідації наслідків аварії був завершений. Основними цілями виконання робіт другого етапу були:
- запобігання поширенню радіонуклідів із зони радіоактивного забруднення;перепоховання твердих РАВ;
- створення в ураженому регіоні умов для безпечної життєдіяльності населення;
- підготовка зони відчуження і відселених територій зони жорсткого контролю до повернення в народне господарство;
- підготовка до виведення Чорнобильської АЕС з експлуатації.
ВО "Комбінат"
У жовтні 1986 року з метою забезпечення єдиного керівництва роботами, що проводилися в 30-кілометровій зоні ЧАЕС, забезпечення виконання завдань державного плану виробництва електричної енергїї, реалізації заходів щодо підвищення надійності і безпеки експлуатації енергоблоків, виконання функцій замовника під час спорудження об'єктів виробничого і невиробничого призначення наказом Мінатоменерго СРСР від 17.10.86 р. № 6с на основі постанови ЦК КПРС і Ради Міністрів СРСР від 02.10.86 р. було утворено виробниче об'єднання "Комбінат".
На цій стадії управління ліквідацєюї аварії за рішенням Урядової комісії були розпочаті роботи з утримання передбачуваних розплавів активної зони на нижній захисній плиті реактора, а також із створення додаткового охолоджуваного горизонту (спеціального теплообмінника) під фундаментною плитою реактора для гарантованого виключення попадання радіоактивних продуктів і розплавленого палива в грунт і грунтові води. Спорудження плити розпочалося 3 червня і закінчилося 28 червня 1986 р. Однак розвиток процесу аварії не привів до очікуваного проплавлення фундаментної плити, і цей спеціальний теплообмінник не був включений в роботу.
Впродовж декількох годин після руйнування 4-го енергоблока пожежникам і персоналу ЧАЕС вдалося ліквідувати численні вогнища займань, що запобігло загрозі поширення пожежі на інші енергоблоки. Відразу після аварії були зупинені спочатку 3-й енергоблок, що становить з 4-м енергоблоком другу чергу ЧАЕС, а потім 1-й і 2-й енергоблоки.
26 квітня - Аварія на 4-му енергоблоці. Розпорядженням Ради Міністрів СРСР № 830 для розслідування причин та ліквідації наслідків аварії на Чорнобильській АЕС було створено Урядову комісію. Головою комісії було призначено заступника Голови Ради Міністрів СРСР Б.Є. Щербина
27 квітня - Евакуація населення з м. Прип'ять та 10-км зони.